Rémy est un rat pas tout à fait comme les autres. En effet, il a la chance d’avoir un odorat très développé. Mais alors qu’il ne pense qu’à manger de bonnes choses, sa famille et toute la colonie avec laquelle il vit mangent tout ce qu’ils trouvent et cela le désole. Son modèle est Gusteau, un grand chef cuisinier qui a réussi à obtenir 5 étoiles pour son restaurant mais qui est mort récemment après la perte d'une de ses étoiles à cause d'un critique culinaire, Anton Ego, qui s'opposait à l'idée fondamentale de Gusteau selon laquelle « tout le monde peut cuisiner »...

Linguini, quand à lui, est nouveau dans le restaurant de Gusteau ( maintenant dirigé par Skinner ) où il est commis de cuisine chargé aux poubelles. Alors qu’il n’arrive pas à faire reconnaitre ses talents de cuisinier par les siens, tout va changer le jour où Linguini et Rémy vont se rencontrer pour former un duo aussi inattendu que performant…

Linguini est en fait le fils de Gusteau et devient propriétaire du restaurant après en avoir chassé Skinner.

Mais, aidé par Colette, il lui faut affronter la critique de Anton Ego...